W 1939 r., po zajęciu Sandomierza, Niemcy zorganizowali pogrom ludności żydowskiej. Do Sandomierza przybyło ok. 1200 żydowskich uchodźców z Kalisza i Siedlec. 20 października 1939 r. został utworzony w Sandomierzu „Judenrat“ z przewodniczącym doktorem Henrykiem Goldbergiem. „Judenrat” był odpowiedzialny za wykonanie przez Żydów wszystkich rozporządzeń władzy niemieckiej.

Sandomierz w tym okresie tworzył Landkomissariat podległy urzędowi powiatowemu w Opatowie. Do Landkomissariatu sandomierskiego należały Koprzywnica, Połaniec, Bogoria, Klimontów i inne osady. Dowódcą garnizonu sandomierskiego w latach był 1941-1942 kapitan Kümmerl, w cywilu sędzia lub profesor gimnazjum.

W różnych okresach działały jednostki policyjne i SS delegowane do swych czynności z Radomia lub innych ośrodków. Specjalne karne egzekucje wykonywane były przez policję bezpieczeństwa z Radomia. Przymusową kolonizację niemiecką Mokoszyna przeprowadzono w 1942 roku przez specjalne oddziały SS pod kierownictwem Obersturmbannführer Reinecke. Budynki i tereny szkoły rolniczej w Mokoszynie zajęła jednostka SS, która utworzyła „SS-Stützpunkt Deutschwehr”.

W czerwcu 1942 r. Niemcy utworzyli w Sandomierzu zamknięte getto, które objęło 21 budynków na obszarze ograniczonym ulicami: Żydowską, Zamkową i Berka Joselewicza. Przesiedlono do niego Żydów z okolicznych miejscowości. W ten sposób umieszczono w nim ok. 5200 osób. Na wszystkie osoby w wieku od 12 do 60 lat nałożono obowiązek świadczenia pracy na rzecz okupanta. Żydzi byli zatrudnieni w warsztatach na terenie getta, a także przy pracach drogowych, remontach oraz w gospodarstwach osadników niemieckich. Rabunki, prześladowania, pobicia i doraźne egzekucje stały się koszmarną codziennością getta. W znęcaniu się nad Żydami w Sandomierzu odznaczał się żandarm Lescher. Było to jedno z najpóźniej zlikwidowanych gett w regionie.

W październiku 1942 r. w gmachu gimnazjum żeńskiego w Sandomierzu, zwanego Liceum (obecnie Zespół Szkół Gastronomicznych i Hotelarskich) Niemcy utworzyli plac ćwiczeń i obóz pracy przymusowej. Robotnicy pracowali w obozowych warsztatach oraz w gospodarstwach folksdojczy. Podczas prac dochodziło do doraźnych egzekucji.