Pierwszy etap likwidacji skupiska żydowskiego w Sandomierzu rozpoczął w dniu 29 października 1942 roku. Nad ranem teren getta został obstawiony strażą. Żydzi otrzymali polecenie zebrania się na placu targowym. Naziści przy pomocy żydowskiej służby porządkowej przystąpili do wypędzania ludzi z domów. Odbywało się to ze szczególną brutalnością – wiele osób zostało dotkliwie pobitych, wiele zamordowanych. Przetrząsanie kamienic w poszukiwaniu ukrywających się osób trwało trzy dni. Jednym ze świadków wysiedlenia był Nachman Icek Gorzyczanski, który po wyzwoleniu złożył zeznania przed Żydowską Komisją Historyczną. Zeznał między innymi że mordercy bili niemiłosiernie Żydów
zdążających na plac.
 

Żyd warszawski Mojsze Szifman, poszedł na plac (Umschlagsplatz) z księgą świętą (sefer-tojre) w ręku. Nie wypuszczał jej z rak chociaż Łotysze go niemiłosiernie bili. Wołał głośno „Szma Israel”. Na placu upadł z księgą w ręku. W drodze do stacji zabili Ukraińcy i Łotysze 78 osób. Policja wyciągnęła z domów około 400 schowanych Żydów. 200 z nich na miejscu zamordowano. Ostatecznie zebrane osoby załadowano do wagonów i - razem z Żydami z Klimontowa i Zawichostu - wysłano do komór gazowych w Bełżcu.
Ta pierwsza akcja przyniosła zagładę ponad trzem tysiącom osób. Tylko trzydziestu Żydów udało się uratować dzięki pomocy policji żydowskiej, pomogli ratować tych Żydów także dwaj Polacy. Nazwisko jednego z nich brzmi Jan Skobel, nazwiska drugiego nie pamiętam, zdaje się, że brzmi Juszczyk.

W dniu 10 listopada 1942 r. w Sandomierzu Niemcy utworzyli getto tzw. szczątkowe albo wtórne („Restgetto”). Zgromadzono w nim Żydów, którzy ukryli się podczas likwidacji pierwszego getta lub w okresie późniejszym przybyli do Sandomierza z innych miejscowości oraz osoby pochodzenia żydowskiego deportowane z Rzeszy. Według różnych szacunków, łącznie znalazło się tu wtedy od sześciu do siedmiu tysięcy osób.

W dniu 4 stycznia 1943 r. getto szczątkowe zostało otoczone przez Niemców. Na jego teren przyprowadzono żydowskich robotników zatrudnionych w obozach pracy przymusowej Metan i Liceum.
W dniu 10 stycznia 1943 r. naziści przystąpili do ostatecznej likwidacji getta. Przy 30-stopniowym mrozie Żydzi zostali zmuszeni do opuszczenia mieszkań. Ulice i podwórka znów pokryły się zwłokami zabijanych ludzi. Podczas likwidacji getta zamordowano 480 Żydów.